R lỗi "tổng hợp không có ý nghĩa đối với các yếu tố"

Question

Tôi có một tập tin gọi là rRna_RDP_taxonomy_phylum với các dữ liệu sau:

364 "Firmicutes"   39.31 
244 "Proteobacteria"  26.35 
218 "Actinobacteria"  23.54 
65 "Bacteroidetes"   7.02 
22 "Fusobacteria"   2.38 
6 "Thermotogae"   0.65 
3  unclassified_Bacteria 0.32 
2 "Spirochaetes"   0.22 
1 "Tenericutes"   0.11 
1  Cyanobacteria   0.11 

Và tôi đang sử dụng mã này để tạo ra một biểu đồ pie trong R:

if(file.exists("rRna_RDP_taxonomy_phylum")){ 
    family <- read.table ("rRna_RDP_taxonomy_phylum", sep="\t") 
    piedat <- rbind(family[1:7, ], 
       as.data.frame(t(c(sum(family[8:nrow(family),1]), 
           "Others", 
           sum(family[8:nrow(family),3]))))) 
    png(file="../graph/RDP_phylum_low.png", width=600, height=550, res=75) 
    pie(as.numeric(piedat$V3), labels=piedat$V3, clockwise=TRUE, col=graph_col, main="More representative Phyliums") 
    legend("topright", legend=piedat$V2, cex=0.8, fill=graph_col) 
    dev.off() 
    png(file="../graph/RDP_phylm_high.png", width=1300, height=850, res=75) 
    pie(as.numeric(piedat$V3), labels=piedat$V3, clockwise=TRUE, col=graph_col, main="More representative Phyliums") 
    legend("topright", legend=piedat$V2, cex=0.8, fill=graph_col) 
    dev.off() 
} 

Tôi đã sử dụng mã này cho các tệp dữ liệu khác nhau và nó hoạt động tốt, nhưng với tệp được trình bày adobe nó bị lỗi khi trả lại thông báo sau:

Error in Summary.factor(c(6L, 2L, 1L), na.rm = FALSE) : 
    sum not meaningful for factors 
Calls: rbind -> as.data.frame -> t -> Summary.factor 
Execution halted 

Tôi cần hiểu lý do tại sao nó bị lỗi với tệp này và nếu có cách nào để ngăn chặn loại lỗi này.

Cảm ơn!

Answer 1

Lỗi xảy ra khi bạn cố gắng gọi sum(x) và x là một yếu tố.

Điều đó có nghĩa là một trong các cột của bạn, mặc dù họ trông giống như con số này trên thực tế các yếu tố (những gì bạn đang nhìn thấy là đại diện văn bản)

đơn giản sửa chữa, chuyển đổi sang số. Tuy nhiên, nó cần một bước xen kẽ để chuyển đổi thành ký tự đầu tiên. Sử dụng các mục sau:

family[, 1] <- as.numeric(as.character(family[, 1])) 
family[, 3] <- as.numeric(as.character(family[, 3]))