Làm thế nào để sử dụng gọn gàng với OpenBLAS thay vì Atlas trong Ubuntu?

Question

Tôi đã tìm kiếm một cách dễ dàng để cài đặt/biên dịch Numpy với OpenBLAS nhưng không tìm thấy câu trả lời dễ dàng. Tất cả các tài liệu tôi đã thấy có quá nhiều kiến ​​thức như được cấp cho một người như tôi, những người không được sử dụng để biên dịch phần mềm. Có hai gói trong Ubuntu liên quan đến OpenBLAS: libopenblas-base và libopenblas-dev. Khi chúng được cài đặt, tôi nên làm gì để cài đặt lại Numpy với chúng? Cảm ơn!

Lưu ý rằng khi các gói OpenBLAS này được cài đặt, Numpy không hoạt động nữa: không thể nhập: ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: biểu tượng không xác định: ATL_chemv. Sự cố cũng xảy ra khi cài đặt Theano với website instructions cho Ubuntu.

Điều này đã được chú ý here rồi.

Answer 1

Run sudo update-alternatives --all và thiết lập liblapack.so.3gf-/usr/lib/lapack/liblapack.so.3gf

Answer 2

xem xét sử dụng EasyBuild (http://hpcugent.github.io/easybuild/), một framework mã nguồn mở để xây dựng và cài đặt phần mềm.

Nó cho phép bạn (rất dễ dàng) xây dựng và cài đặt (khoa học) phần mềm với trình biên dịch khác nhau và sử dụng các thư viện BLAS khác nhau (ATLAS, OpenBLAS, ACML, Intel MKL, ...).

Khi bạn cài đặt EasyBuild (tip pro: sử dụng thủ tục bootstrapping mô tả ở https://github.com/hpcugent/easybuild/wiki/Bootstrapping-EasyBuild), nó nắm để chạy một lệnh duy nhất, một cái gì đó như:

eb numpy-1.6.2-goolf-1.4.10-Python-2.7.3.eb -ldr

này sẽ lần đầu tiên xây dựng và cài đặt đầy đủ trình biên dịch toolchain (goolf: GCC + OpenBLAS + OpenMPI + LAPACK + FFTW), và sau đó xây dựng Python và numpy với toolchain đó. Và tất cả điều đó trong khi bạn đang ăn trưa. ;-)

Tuyên bố từ chối trách nhiệm: Tôi là một trong những nhà phát triển EasyBuild.

Answer 3

Để thêm vào câu trả lời được chấp nhận (sử dụng update-alternatives), lý do là vì OpenBlas không tương thích với phiên bản Atlas của Lapack. Đối với mỗi Blas và LAPACK phiên bản:

1. Mặc định Blas + Mặc định LAPACK => OK
2. OpenBlas + Mặc định LAPACK => OK
3. Atlas-Blas + Mặc định LAPACK => OK
4. Atlas- Blas + Atlas-Lapack => OK
5. OpenBlas + Atlas-Lapack => L ERI! (Trường hợp sau đây.)

Đây là từ cả hai kinh nghiệm cá nhân (với cùng vấn đề chính xác) và nhận ra lý do tại sao sự kết hợp này không được đề cập in this comparison blog.

Nhân tiện, bạn chỉ có thể tìm các tệp cần thiết trong /etc/alternatives/, thường với tên tệp bắt đầu bằng lib*. Đối với mỗi người, hãy làm sudo update-alternatives --config <filename>.Ví dụ, làm gì để sau:

• sudo update-alternatives --config libblas.so
• sudo update-alternatives --config libblas.so.3

để thay đổi phiên bản Blas.