cài đặt rpy2 trên Windows7 64 bit cho Python 2.7

Question

Tôi đang cố gắng xây dựng và cài đặt Mô-đun Python rpy2. Nhưng có một lỗi (xem bên dưới).

Tôi đã cài đặt R trong C:\Program Files\R\R-2.15.0\ và R.h là trong C:\Program Files\R\R-2.15.0\include. Làm thế nào tôi có thể nói với setup.py để tìm tiêu đề R trong thư mục đó?

Cả Python và R được cài đặt bằng tệp nhị phân chính thức cho Windows 64 bit.

Ai đó có thể đóng góp một bản dựng nhị phân rpy2 cho các cửa sổ 64 bit và Python2.7 64 bit không? Christoph Gohlke nói vì lý do pháp lý hoặc kỹ thuật, rpy2 không được bao gồm trong số Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages của mình. Bất kỳ ai khác đều có thành công?

Cảm ơn!

Với quy trình sau:

$ python setup.py build 
running build 
running build_py 
running build_ext 

returned an empty string. (5 times) 

Với cấu hình này cho R như một thư viện:

include_dirs:() 
libraries:() 
library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.0/bin/i386',) 
extra_link_args:() 
# OSX-specific (included in extra_link_args) 
    framework_dirs:() 
    frameworks:() 

xây dựng mở rộng 'rpy2.rinterface._rinterface', sử dụng lệnh này:

C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe /c 
/nologo /Ox /MD /W3 /GS- /DNDEBUG -DWin32=1 -DCSTACK_DEFNS=1 
-I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC 
/Tc.\rpy\rinterface\_rinterface.c 
/Fobuild\temp.win-amd64-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.obj 
_rinterface.c 

cung cấp lỗi này:

.\rpy\rinterface\_rinterface.c(61) : fatal error C1083: Cannot open include file: 
'R.h': No such file or directory 
error: command '"C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe"' 
failed with exit status 2 

Answer 1

Tôi đang làm việc thông qua chính bản thân mình. Các thư viện, vv .. Chỉ ra rằng bạn đang chọn phiên bản 32 bit i386. Thêm "C: \ Program Files \ R \ R-2.15.1 \ include" bao gồm thư mục có thể giúp khắc phục sự cố. Đây là xa nhất tôi đã có:

building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension 
error: Unable to find vcvarsall.bat 

Với đường dẫn Express MSVC và R x64 và msys sh.

Answer 2

Liên kết này đến tập tin nhị phân làm việc cho tôi, tôi hy vọng những người khác tìm thấy nó hữu ích: link to the binary

Answer 3

Dưới đây là một liên kết đến rpy2 binaries Windows, tất cả các phiên bản Python và x86/x64:

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2

Answer 4

Điều này là do thư viện R của bạn không nằm trong biến môi trường CPPFLAGS của bạn. Bạn nên tìm tệp R.h trong "C: \ Program Files \ R \ R-2.15.0 \ include". Trong Linux, bạn có thể thêm video này vào .bashrc của bạn

export "$CPPFLAGS=-I/path-to-R/include $CPPFLAGS" 

Nhưng tôi không familar để python và R trong cửa sổ. Đó là tất cả những gì tôi có thể giúp đỡ.

Answer 5

Trải nghiệm của tôi (2.7.9 (mặc định, ngày 10 tháng 12 năm 2014, 12:28:03) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)]): - tất cả các trình cài đặt nhị phân - rõ ràng rpy2 có phụ thuộc không xác định - có NumPy và scipy cài đặt (mã nhị phân win_amd64) với sự phụ thuộc không xác định họ

1. cài đặt R, cài đặt các gói cần thiết
2. cài đặt PyWin32
3. "PIP cài đặt singledispatch"
4. "PIP cài đặt rpy2-2.5.6-cp27-none-win_amd64.whl"
5. môi trường cập nhật, ví dụ os.environ ['R_HOME'] = r'C: \ Program Files \ R \ R-3.1.3 ' os.environ [' R_USER '] = r'C: \ Python27 \ Lib \ site-packages \ rpy2 '

Answer 6

Tôi đã thử tất cả những thứ này trên Windows 10 và không có nơi nào. Khi tôi đã làm các pip, nó nói nó đã được cài đặt vào phiên bản Anaconda mà tôi đã được sử dụng trong nhiều tháng, nhưng khi tôi đã thử một import rpy, nó chỉ đưa ra một lỗi.

Đã được sẽ từ bỏ, nhưng sau đó tôi ngủ trên đó một đêm và sau đó tôi đã làm như sau từ dòng lệnh:

• xóa tất cả các trường Python cũ của tôi bao gồm Anaconda
• Khởi động lại
• cài đặt lại Anaconda (2.4.1 với Python phiên bản 2.7.11)
• Made chắc chắn python chạy từ dòng lệnh từ bất kỳ thư mục
• bắt đầu "mingw32" tôi shell bash (một trong đó đi kèm với git)
• Đặt biến R_HOME môi trường cá nhân của tôi để C:\Program Files\R\R-3.2.3
• Downloaded rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl từ http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2 như gợi ý ở trên.
• Thay đổi thư mục làm việc cho người sử dụng tôi Downloads thư mục
• cài đặt nó với python pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl
• Bắt đầu và thành công nhập khẩu và rn py2

Dưới đây là một ảnh chụp màn hình trong những bước cuối cùng:

mwise@MWISE-OPTO ~/Downloads 
$ pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl 
Processing c:\users\mwise\downloads\rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl 
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): six in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5) 
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): singledispatch in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5 
) 
Installing collected packages: rpy2 
Successfully installed rpy2-2.7.5 

mwise@MWISE-OPTO ~/Downloads 
$ python 
Python 2.7.11 |Anaconda 2.4.1 (64-bit)| (default, Dec 7 2015, 14:10:42) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics. 
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org 
>>> import rpy2 
>>> import rpy2.robjects as robjects 
>>> pi = robjects.r['pi'] 
>>> pi[0] 
3.141592653589793 
>>> 

Hy vọng điều này sẽ giúp ai đó xuống dòng ...