Lô ma trận tần số trọng

Question

Câu hỏi này có liên quan đến hai câu hỏi khác nhau tôi đã yêu cầu trước đó:

1) Reproduce frequency matrix plot

2) Add 95% confidence limits to cumulative plot

Tôi muốn để tái tạo âm mưu này vào R:

Tôi đã đạt được điều này, sử dụng mã bên dưới hình ảnh:

#Set the number of bets and number of trials and % lines 
numbet <- 36 
numtri <- 1000 
#Fill a matrix where the rows are the cumulative bets and the columns are the trials 
xcum <- matrix(NA, nrow=numbet, ncol=numtri) 
for (i in 1:numtri) { 
x <- sample(c(0,1), numbet, prob=c(5/6,1/6), replace = TRUE) 
xcum[,i] <- cumsum(x)/(1:numbet) 
} 
#Plot the trials as transparent lines so you can see the build up 
matplot(xcum, type="l", xlab="Number of Trials", ylab="Relative Frequency", main="", col=rgb(0.01, 0.01, 0.01, 0.02), las=1) 

Câu hỏi của tôi là: Làm cách nào để tái tạo lô trên cùng trong một lần, mà không vẽ nhiều mẫu?

Cảm ơn.

Answer 1

Bạn có thể tạo ra âm mưu này ...

... bằng cách sử dụng mã này:

boring <- function(x, occ) occ/x 

boring_seq <- function(occ, length.out){ 
    x <- seq(occ, length.out=length.out) 
    data.frame(x = x, y = boring(x, occ)) 
} 

numbet <- 31 
odds <- 6 
plot(1, 0, type="n", 
    xlim=c(1, numbet + odds), ylim=c(0, 1), 
    yaxp=c(0,1,2), 
    main="Frequency matrix", 
    xlab="Successive occasions", 
    ylab="Relative frequency" 
    ) 

axis(2, at=c(0, 0.5, 1))  

for(i in 1:odds){ 
    xy <- boring_seq(i, numbet+1) 
    lines(xy$x, xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

for(i in 1:numbet){ 
    xy <- boring_seq(i, odds+1) 
    lines(xy$x, 1-xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

Answer 2

Bạn cũng có thể sử dụng phương pháp Koshke của, bằng cách giới hạn sự kết hợp của các giá trị để những người có s < 6 và theo yêu cầu của Andrie, thêm điều kiện về sự khác biệt của Ps $ n và ps $ s để có được cấu hình "nhọn".

ps <- ldply(0:35, function(i)data.frame(s=0:i, n=i)) 
plot.new() 
plot.window(c(0,36), c(0,1)) 
apply(ps[ps$s<6 & ps$n - ps$s < 30, ], 1, function(x){ 
    s<-x[1]; n<-x[2]; 
    lines(c(n, n+1, n, n+1), c(s/n, s/(n+1), s/n, (s+1)/(n+1)), type="o")}) 
axis(1) 
axis(2) 
lines(6:36, 6/(6:36), type="o") 
# need to fill in the unconnected points on the upper frontier 

Answer 3

Weighted Tần Matrix còn được gọi là vị trí cân Matrix (trong tin sinh học). Nó có thể được thể hiện dưới dạng sequence logo. Điều này ít nhất là cách tôi vẽ đồ thị tần số có trọng số.

library(cosmo) 
data(motifPWM); attributes(motifPWM) # Loads a sample position weight matrix (PWM) containing 8 positions. 
plot(motifPWM) # Plots the PWM as sequence logo.