Với một số tinh chỉnh (bật chế độ JQuery noConflict-Mode, thay thế bộ chọn $ bằng thứ gì đó như $ jq) bạn sẽ có thể làm việc cả hai.
Tuy nhiên, bạn có thể dễ dàng kết thúc bằng ứng dụng Frankenstein kết hợp các plugin MooTools và Jquery. Ngoài ra tải javascript là khá lớn, bởi vì bạn phải bao gồm Mootools, JQuery VÀ bộ công cụ giao diện người dùng cấp cao nhất của họ.
Tôi khuyên bạn nên điều tra xem giao diện người dùng JQuery có thể thay thế MochaUI (hoặc ngược lại) hay không. Một sự kết hợp của JS lib + bộ công cụ giao diện người dùng là dễ dàng hơn nhiều để duy trì.
Nhược điểm của MochaUI là nó có một số vấn đề với IE8, hơn nữa nó không phải là rất cập nhật (bản phát hành cuối cùng tháng 9 năm 2008).
Giao diện người dùng JQuery có nhiều mô-đun hơn (bạn chỉ có thể chọn các phần bạn cần), có Trình chỉnh sửa chủ đề CSS trực quan (Themeroller) và cung cấp lịch phát hành 2 tháng. Nhược điểm của nó: nó chưa bao gồm các thành phần UI cần thiết (chẳng hạn như một trình đơn, một trình quản lý "khung nhìn" hiển thị các thành phần giao diện người dùng, các bảng màu). Tuy nhiên, các tính năng này được mong đợi sớm.
Cập nhật: phiên bản ổn định gần đây nhất trong github của họ là tháng 6 năm 2010 (https://github.com/mui/mochaui/downloads) và họ vẫn cam kết thay đổi, mặc dù thưa thớt (https://github.com/mui)/mochaui/cam kết/phát triển). jQuery UI vẫn không có Grid (http://wiki.jqueryui.com/w/page/34246941/Grid), mặc dù họ hy vọng sẽ sớm có Menu (http://wiki.jqueryui.com/w/page/ 12137997/Menu) và Panel (http://wiki.jqueryui.com/w/page/12137759/Panel). –