Xóa các quá trình zombie bằng gói song song

Question

Sau khi tôi đã chơi một thời gian bằng gói song song của R trên máy dựa trên Debian của tôi, tôi vẫn không thể tìm cách xóa tất cả các quy trình con zombie sau khi tính toán.

Tôi đang tìm giải pháp độc lập chung và hệ điều hành.

Dưới đây là một kịch bản đơn giản minh họa vấn đề đối với 2 lõi:

library(parallel) 
testfun <- function(){TRUE} 

cltype <- ifelse(.Platform$OS.type != "windows", "FORK", "PSOCK") 
cl <- makeCluster(2, type = cltype) 
p <- clusterCall(cl, testfun) 
stopCluster(cl) 

Thật không may, kịch bản này rời hai quá trình zombie trong bảng quá trình mà chỉ nhận được giết nếu R là đóng cửa.

Answer 1

Điều này dường như chỉ là vấn đề với cụm "FORK". Thay vào đó, nếu bạn tạo cụm "PSOCK", các quy trình sẽ chết khi bạn gọi stopCluster(cl).

Có điều gì ngăn cản bạn sử dụng cụm "PSOCK" trên máy dựa trên Debian của bạn không?

Answer 2

Có thể câu trả lời của sự cố của bạn nằm trong tệp trợ giúp của lệnh makeCluster().

Ở dưới cùng của tệp, nó được viết: Thực tiễn tốt là tắt nhân viên bằng cách gọi stopCluster: tuy nhiên, người lao động sẽ tự chấm dứt khi ổ cắm mà họ đang nghe lệnh không khả dụng, nên nếu phiên R chủ được hoàn thành (hoặc quá trình của nó chết).

Giải pháp là (nó đang làm việc cho tôi) để xác định cổng cho cụm của bạn trong khi bạn đang tạo cụm.

cl <- makeCluster(2, type = cltype,port=yourPortNumber) 

giải pháp khác (có thể không hữu ích) đang đặt thời gian chờ cho ổ cắm của bạn. biến thời gian chờ tính bằng giây.

cl <- makeCluster(2, type = cltype,port=yourPortNumber,timeout=50) 

Trong mọi trường hợp, mục đích phải làm cho kết nối ổ cắm không khả dụng.khi đóng cổng hoặc đóng quy trình R chính sẽ thực hiện việc này.

Chỉnh sửa: Ý của tôi là đóng các cổng mà quá trình đang nghe. Nó phải là hệ điều hành độc lập. bạn có thể thử sử dụng ->showConnections(all = TRUE);. Điều này sẽ cung cấp cho tất cả các kết nối. Sau đó, bạn có thể thử closeAllConnections();

Xin lỗi nếu điều này không hoạt động.