Định nghĩa lại một hàm trong một gói phần mềm R

Question

tôi đã cố gắng để sửa đổi và xác định lại một chức năng (xcmsRaw) trong xcms gói R bằng cách đầu tiên xác định một hàm

my.xcmsRaw <- function(filename, profstep = 1, profmethod = "bin", 
        profparam = list(mzcorrf=1), # PATCH - mzcorrf is the m/z correction factor, e.g. 0.99888 for long-chain hydrocarbons 
        includeMSn = FALSE, mslevel=NULL, 
        scanrange=NULL) { ... } 

và sau đó gõ

unlockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms")) 
assign("xcmsRaw", my.xcmsRaw, as.environment("package:xcms")) 
lockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms")) 

Tuy nhiên, khi Tôi chạy nó cung cấp cho tôi lỗi

Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
    object 'profBinM' of mode 'function' was not found 

gây ra bởi nó không tìm thấy hàm profBinM, mà là một mã C không đúng ion được định nghĩa trong tập tin xcms.c của gói xcms.

Bất kỳ suy nghĩ nào về cách tôi có thể giải quyết vấn đề này? (Tôi đang làm việc trong môi trường Windows 7, sử dụng R phiên bản 3.0.0)

Answer 1

Cảm ơn Josh - trong trường hợp của tôi, tôi đã nhận nó làm việc bây giờ thông qua

modifline='if ((profparam$mzcorrf!=1)&length(unique(rawdata$mz - trunc(rawdata$mz)))!=1) {rawdata$mz=rawdata$mz*profparam$mzcorrf} else if (profparam$mzcorrf!=1) {print("Exact masses were already rounded to nominal masses");profparam$mzcorrf=1}' 
insertatline=6 
trace(xcmsRaw, tracer=modifline,at=c(insertatline)) 

nơi tôi tìm thấy dòng đúng để chèn mã sửa đổi của tôi sử dụng

as.list(body(xcmsRaw)) 

Để ngăn chặn đầu ra của dấu vết sau đó tôi định nghĩa một hàm thứ hai

xcmsRaw2=function(...) {sink("NUL");obj=xcmsRaw(...);sink();return(obj) } 

mà có thể được gọi và không cung cấp bất kỳ đầu ra truy tìm không cần thiết nào.

Mặc dù vậy vẫn có thể làm cho nó hoạt động thông qua assignInNamespace(), vì điều đó sẽ cho phép chỉnh sửa/định nghĩa lại rộng hơn và cũng cho các thay đổi trong đối số chức năng (đó là lý do phổ biến để xác định lại chức năng) , để có thêm một số đối số) ...