Đối với lme, phiên bản cá nhân của tôi dưới đây; bạn có thể tải xuống bằng các phần bổ trợ tương tự khác, ví dụ: để trích xuất \Sexpr{} chuỗi cho p-giá trị của bảng LME/lm/GLM như Dmisc từ
http://www.menne-biomed.de/download
này là rất cá nhân, nhưng nếu tôi muốn làm tròn để thực sự đáng kể chữ số rất nhiều. Xin lỗi, gói nlme làm tất cả những gì tôi cần (và nhiều hơn lme/gaussian), vì vậy chưa có phiên bản lme4.
"latex.summary.lme" <-
function(object, title="",parameter=NULL, file="",
shadep=0.05,caption=NULL,label=NULL,ctable=FALSE,form=NULL,
interceptp = FALSE, moredec=0, where="!htbp", ...) {
# This function can be mis-used for gls models when an explicit
# form is given
options(Hverbose=FALSE)
require('Hmisc')
require('nlme')
dd <- object$dims
method <- object$method
fixF <- object$call$fixed
xtTab <- as.data.frame(object$tTable)
sigp <- xtTab[,"p-value"]< shadep # cells that will be shaded
if (!interceptp){
sigp[1] <- FALSE # intercept will never be shaded
# Replace small significances, discarding p-value for (Intercept)
xtTab[1,"p-value"] = 1 # we do not show it anyway, easier formatting
}
pval <- format(zapsmall(xtTab[, "p-value"],4))
pval[as.double(pval) < 0.0001] <- "$< .0001$"
xtTab[, "p-value"] <- pval
xtTab[,"t-value"] <- round(xtTab[,"t-value"],1)
if (ncol(xtTab) == 5) # not for gls
xtTab[,"DF"] <- as.integer(xtTab[,"DF"])
# extract formula
if (is.null(form)) {
if (!is.null(object$terms)) {
form=object$terms
} else {
form = formula(object)
}
}
if (is.null(parameter)) {
parameter=as.character(form[[2]])
}
if (any(wchLv <- (as.double(levels(xtTab[, "p-value"])) == 0))) {
levels(xtTab[, "p-value"])[wchLv] <- "<.0001"
}
if (is.null(label))
label <- lmeLabel("contr",form)
form <- deparse(removeFormFunc(as.formula(form)),width.cutoff=500)
form <- paste(sub('~','$\\\\sim$ ',form),sep="")
# All I(in factors are replaced with (This could be improved)
row.names(xtTab) <-
gsub("I\\(","(",dimnames(object$tTable)[[1]])
row.names(xtTab) <- gsub("\\^2","\\texttwosuperior",row.names(xtTab))
# Determine base level
levs <- lapply(object$contrasts,function(object) {dimnames(object)[[1]][1]})
levnames <- paste(names(levs),levs,sep=" = ",collapse=", ")
# Try to locate numeric covariables
# v1 <- all.vars(formula(object))[-1]
## Changed 8.10.2008, not regression-tested
v1 <- all.vars(form)[-1]
numnames <- v1[is.na(match(v1,names(levs)))]
if (length(numnames > 0)) {
numnames <- paste(numnames," = 0",collapse=", ")
levnames <- paste(levnames,numnames,sep=", ")
}
if (is.null(caption)){ # TODO: Allow %s substitution
if (inherits(object,"lme"))
md = "Mixed model (lme)" else
if (inherits(object,"gls"))
md = "Extended linear model (gls)" else
md = "Linear model"
caption <- paste(md," contrast table for \\emph{",
parameter, "} (model ",form,
"). The value in row (Intercept) gives the reference value for ",
levnames,".",sep='')
}
caption.lot <- paste("Contrast table for ",parameter, " by ",
levnames)
ndec <- pmax(round(1-log10(xtTab[,2]+0.000001)+moredec),0)
xtTab[,1] <- formatC(round(xtTab[,1],ndec))
xtTab[,2] <- formatC(round(xtTab[,2],ndec))
if (ncol(xtTab) == 5) {
names(xtTab) <- c("Value","StdErr","DF","t","p")
pcol = 5
} else {# gls misuse
names(xtTab) <- c("Value","StdErr","t","p")
pcol = 4
}
# Only show intercept p/t when explicitely required
if (!interceptp){
xtTab[1,pcol-1] <- NA
xtTab[1,pcol] <- ''
}
cellTex <- matrix(rep("", NROW(xtTab) * NCOL(xtTab)), nrow=NROW(xtTab))
cellTex[sigp,pcol] <- "cellcolor[gray]{0.9}"
rowlabel <- ifelse(nchar(parameter) >9,"",parameter)
latex(xtTab, title=title, file=file, caption=caption,caption.lot=caption.lot,
caption.loc="bottom", label=label, cellTexCmds = cellTex,
rowlabel=rowlabel, ctable=ctable, where=where,
booktabs = !ctable, numeric.dollar=FALSE,col.just=rep("r",5),...)
}
"latex.lme" <-
function(object, title="",parameter=NULL,file="",shadep=0.05,
caption=NULL,label=NULL,ctable=FALSE,form=NULL,
interceptp=FALSE, moredec= 0, where="!htbp",...) {
options(Hverbose=FALSE)
require('Hmisc')
require('nlme')
latex.summary.lme(summary(object),title=title,parameter=parameter,
file=file, shadep=shadep, caption=caption,
label=label, ctable=ctable, form=form, moredec=moredec, where=where,...)
}
Cảm ơn, Dieter! Điều này thực sự hữu ích. – user1172558
Tôi gặp lỗi khi tôi sử dụng chức năng của bạn. Bạn có thể giúp tôi? Lỗi là 'Lỗi trong '[.data.frame' (xtTab,," giá trị p "): các cột không xác định được chọn' – user1172558
Có thể là sự cố ngôn ngữ không? Kiểm tra xem trong miền địa phương của bạn có một "giá trị p" columen khi bạn để một bản tóm tắt (lme (....)) –