Tô màu của gamgrix bằng các cụm k-means?

Question

Tôi đang cố gắng tạo ra một cặp âm mưu của 6 biến dữ liệu bằng cách sử dụng ggplot2 và tô màu các điểm theo cụm k có nghĩa là chúng thuộc về. Tôi đọc tài liệu về gói 'GGally' rất ấn tượng cũng như bản sửa lỗi chính thức của Adam Laiacano [http://adamlaiacano.tumblr.com/post/13501402316/colored-plotmatrix-in-ggplot2]. Thật không may, tôi không thể tìm thấy bất kỳ cách nào để có được sản lượng mong muốn trong cả hai.

Dưới đây là một số mẫu mã: -

#The Swiss fertility dataset has been used here 

data_ <- read.csv("/home/tejaskale/Ubuntu\ One/IUCAA/Datasets/swiss.csv", header=TRUE) 
data_ <- na.omit(data_) 

u <- c(2, 3, 4, 5, 6, 7) 
x <- data_[,u] 
k <- 3 
maxIterations <- 100 
noOfStarts <- 100 
filename <- 'swiss.csv' 

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(GGally) 

kmeansOutput <- kmeans(x, k, maxIterations, noOfStarts) 

xNew <- cbind(x[,1:6], as.factor(kmeansOutput$cluster)) 
names(xNew)[7] <- 'cluster' 
kmeansPlot <- ggpairs(xNew[,1:6], color=xNew$cluster) 

OR 

kmeansPlot <- plotmatrix(xNew[,1:6], mapping=aes(colour=xNew$cluster)) 

Cả hai lô được tạo ra nhưng không màu theo cụm.

Hy vọng tôi chưa bỏ lỡ câu trả lời cho câu hỏi này trên diễn đàn và xin lỗi nếu đó thực sự là trường hợp. Bất cứ sự giúp đỡ nào cũng được đánh giá cao.

Cảm ơn!

Answer 1

Các sửa đổi chút ít sau plotmatrix2 hoạt động tốt đối với tôi:

plotmatrix2 <- function (data, mapping = aes()) 
{ 
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data)) 
    grid <- subset(grid, x != y) 
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) { 
     xcol <- grid[i, "x"] 
     ycol <- grid[i, "y"] 
     data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
      x = data[, xcol], y = data[, ycol], data) 
    })) 
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data)) 
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data)) 
    densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) { 
     data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i], 
      x = data[, i]) 
    })) 
    densities$xvar <- factor(densities$xvar, levels = names(data)) 
    densities$yvar <- factor(densities$yvar, levels = names(data)) 
    mapping <- defaults(mapping, aes_string(x = "x", y = "y")) 
    class(mapping) <- "uneval" 
    ggplot(all) + facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free") + 
     geom_point(mapping, na.rm = TRUE) + stat_density(aes(x = x, 
     y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)), data = densities, 
     position = "identity", colour = "grey20", geom = "line") 
} 


plotmatrix2(mtcars[,1:3],aes(colour = factor(cyl))) 

Nó có thể là một vấn đề ggplot2 phiên bản, nhưng tôi đã phải buộc các biến faceting trong khung densities dữ liệu là các yếu tố (có vẻ như bị phá vỡ với tôi ngay cả trong phiên bản GGally). Ngoài ra, thường không truyền véc tơ đến aes(), mà chỉ đơn giản là tên cột.