Xóa một phần của chuỗi sau "."

tôi đang làm việc với những con số nhập NCBI tham khảo trình tự như biến a:Xóa một phần của chuỗi sau "."

a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2")

Để có được thông tin từ các gói Biomart tôi cần phải loại bỏ các .1, .2 vv sau khi những con số nhập. Tôi thường làm điều này với mã này:

b <- sub("..*", "", a) 

# [1] "" "" "" "" "" ""

Nhưng như bạn có thể thấy, đây không phải là cách chính xác cho biến này. Bất cứ ai có thể giúp tôi với điều này?

Nguồn

2012-05-16 Lisann

Bạn chỉ cần phải thoát khỏi giai đoạn:

a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2") 

gsub("\\..*","",a) 
[1] "NM_020506" "NM_020519" "NM_001030297" "NM_010281" "NM_011419" "NM_053155"

Nguồn

2012-05-16 14:43:27 Hansi

Làm rõ: Với các hàm trong gói cơ sở (tức là không có các gói khác như 'chuỗi r'), các tùy chọn được đăng như sau: b1 <- gsub (" \\ .. * "," ", a, fixed = FALSE) b2 <- sub (" \\ .. * "," ", a, fixed = FALSE) Trong một số trường hợp nhất định, bạn có thể cần thay đổi đối số' cố định'. Tuy nhiên, ở đây bạn * phải * đặt nó thành 'FALSE' (mặc định); nếu không nó sẽ không hoạt động. Hơn nữa, bạn cần thoát kép '\\', hoặc bạn gặp lỗi. –

Bạn sẽ không sử dụng nó với cố định là TRUE vì chúng tôi đang sử dụng cụm từ thông dụng ở đây. – Hansi

Bạn có thể làm:

sub("*\\.[0-9]", "", a)

hoặc

library(stringr) 
str_sub(a, start=1, end=-3)

Nguồn

2012-05-16 11:44:58 johannes

Các giải pháp thay thế: 'str_replace (a," \\. [0-9] "," ")' và 'str_replace (a," \\ .. * "," ")' – Paolo

Chúng ta có thể giả vờ họ tên tập tin và loại bỏ mở rộng:

tools::file_path_sans_ext(a) 
# [1] "NM_020506" "NM_020519" "NM_001030297" "NM_010281" "NM_011419" "NM_053155"

Nguồn

2017-06-14 14:07:10 zx8754

Trả lời

Các vấn đề liên quan