Bạn nghĩ ngôn ngữ nào tốt nhất cho Bioinformatics?

Question

Tôi đã thực hiện một vài công việc nghiên cứu trong Tin học sinh học và tôi đã sử dụng Matlab cho họ. Matlab có rất nhiều công cụ mạnh mẽ và dễ sử dụng. Tôi đã suy nghĩ về trình tự bộ gen và dự đoán các con đường trao đổi chất. Tôi tự hỏi những gì người khác nghĩ là tốt nhất? hoặc có thể không có một ngôn ngữ cụ thể nhưng một số ít cho vay tốt nhất đối với công việc tin học sinh học, đó là toán nặng và giao dịch với một lượng lớn dữ liệu.

Answer 1

Bạn rất có thể sẽ quan tâm đến chủ đề này qua tại Biostar:

• Which are the best programming languages to study for a bioinformatician?

Đối với hầu hết chúng ta bioinformaticians, điều này bao gồm Python, R, Perl, và các tiện ích dòng lệnh bash (như sed, awk, cut, sort, etc). Cũng có những người viết mã Java, Ruby, C++ và Matlab.

Vì vậy, dòng dưới cùng? Cho dù ngôn ngữ nào cho phép bạn hoàn thành công việc dễ dàng nhất là ngôn ngữ phù hợp với bạn. Trả lời câu hỏi này nên bao gồm một cuộc khảo sát cẩn thận về các thư viện và mã khác mà bạn có thể lấy từ đó, cũng như thông tin về sở thích và kinh nghiệm của riêng bạn. Nếu bạn đang thực hiện phân tích microarray, thật khó để đánh bại các thư viện R/bioconductor, nhưng đó là hoàn toàn sai ngôn ngữ cho một người nào đó tranh cãi hầu hết các loại tập dữ liệu chuỗi thứ tự lớn.

Answer 2

Python + scipy phong nha (và MIỄN PHÍ).

http://www.vetta.org/2008/05/scipy-the-embarrassing-way-to-code/

http://www.google.com/search?hl=en&source=hp&q=python+bioinformatics&aq=0&aqi=g9g-m1&aql=&oq=python+bio&gs_rfai=CeE1nPpMNTN2IJZ-yMZX6pcIKAAAAqgQFT9DLSgo

Bạn thậm chí không cần phải tìm hiểu cú pháp mới thực sự khi khi bỏ Matlab cho scipy.

Answer 3

Tốt nhất là không, SAS là môi trường lập trình de facto trong môi trường sinh học. Nếu bạn đã làm việc cho Pfizers, Mercks và Bayers của thế giới trong tin sinh học, bạn đã có kỹ năng SAS tốt hơn. Các lập trình viên SAS đang có nhu cầu lớn.

Answer 4

Không có ngôn ngữ phù hợp cho sinh tin học.

• Điều quan trọng cụ BLAST trình tự được viết bằng C++

• Công cụ MATT cho việc sắp xếp cấu trúc protein được viết bằng C

• Một số đồng nghiệp của tôi trong tính toán sinh học sử dụng Ruby.

Nói chung, tôi thấy rất nhiều C và C++ cho mã quan trọng về hiệu năng và nhiều ngôn ngữ kịch bản khác.

Answer 5

Ngôn ngữ "tốt nhất" là chủ quan và có khả năng khác với nhiệm vụ, nhưng đối với công việc sinh học, cá nhân tôi sử dụng R, Perl, Delphi và C (khá thường xuyên kết hợp một vài trong số này).

Answer 6

Tôi làm việc chủ yếu với HMM và chuỗi protein. Tôi bắt đầu viết trong C, nhưng kể từ đó chuyển sang Python, mà tôi hài lòng với. Tôi tìm thấy nó dễ dàng hơn để thử nghiệm một cái gì đó một cách nhanh chóng và kết quả trong dễ dàng hơn để duy trì mã.

Answer 7

Dưới đây là một báo cáo khoa học tự do có sẵn bằng văn bản về chủ đề mà đánh giá ngôn ngữ khác nhau, và trong những tình huống khác nhau: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/82

Họ nhóm 6 ngôn ngữ thường được sử dụng thành 3 cấp độ khác nhau.

2 compiled languages: C, C++ 
2 semi-compiled languages: C#, Java 
2 interpreted languages: Perl, Python 

Một số kết luận chung:

1. ngôn ngữ Biên soạn vượt trội so với giải thích ngôn ngữ trong sự sắp xếp toàn cầu và các chương trình Neighbor-Tham gia
2. ngôn ngữ thông dịch thường được sử dụng nhiều bộ nhớ hơn
3. Tất cả các ngôn ngữ thực hiện xấp xỉ như nhau đối với BLAST tính toán, ngoại trừ Python
4. Ngôn ngữ được biên dịch yêu cầu nhiều dòng mã được viết hơn để thực hiện cùng các tác vụ
5. ngôn ngữ biên soạn có xu hướng tốt hơn cho việc thực hiện thuật toán
6. ngôn ngữ thông dịch có xu hướng tốt hơn cho tập tin phân tích cú pháp/thao tác

Đây là một bài viết học thuật miễn phí tốt thảo luận cách để xây dựng các kỹ năng tin sinh học: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1000589