tập hợp con của các mẫu cho một đối tượng ExpressionSet

Question

tôi có một đối tượng ExpressionSet với 100 mẫu:

> length(sampleNames(eset1)) 
100 

Tôi cũng có một vector của tên 75 mẫu (không phải là dữ liệu chính nó):

> length(vecOf75) 
75 

Làm cách nào để có thể đặt số eset1 (và lưu) theo 75 tên mẫu? Đó là, tôi muốn bỏ qua những mẫu đó trong eset1 có tên không được liệt kê trong vecOf75. Lưu ý rằng một số mẫu tương ứng với 75 tên mẫu có thể không nằm trong số eset1. Như vậy,

> length(sampleNames(eset1)) 

bây giờ sẽ cung cấp cho một cái gì đó < 75.

Answer 1

Một ExpressionSet có thể được tập hợp con giống như một ma trận, như vậy có lẽ

eset2 = eset1[, sampleNames(eset1) %in% vecOf75] 

hoặc nếu all(vecOf75 %in% sampleNames(eset1)) sau đó chỉ cần

eset1[, vecOf75] 

Không chắc gì 'tiết kiệm' có nghĩa; hoặc lưu (eset2, "some_file.rda") hoặc trích xuất các thành phần exprs(eset2), pData(eset2) v.v. và sử dụng write.table và các hàm R tiêu chuẩn khác.

Answer 2

eset1 <- vecOf75[vecOf75 %in% eset1] này nói, lưu vào eset1 những vecOf75 nơi vecOf75 là trong eset1

Một ví dụ tầm thường sử dụng số:

eset1 <- sample(1:100) 
vecOf75 <- sample(1:200,75) 
eset1 <- vecOf75[vecOf75 %in% eset1] 

Hoặc, bạn có thể sử dụng subset() nhưng, việc sử dụng để đặt trước qua ']' sẽ hữu ích hơn nhiều theo lập trình.